由宋入元，文人的地位一落千丈。科舉的廢除，更是對漢族文人的心靈、思想和精神追求產生極大的傷害。元代隱逸風氣的熾盛，造就了雅潔淡逸、蒼茫沉郁的元人山水，而古琴音樂則成為這些文人心靈的慰籍。元四家中的黃公望、王蒙、倪云林、吳鎮都愛好古琴。如倪云林藏琴極豐，他隱居于太湖邊，日以琴、書、畫自娛，他的畫風天真幽淡，蕭殺寂寞，自有一種荒涼空寂、疏簡消沉的趣味。

　　元代非漢族文人中，精于琴者當推耶律楚材（1190—1244年）。耶律楚材字晉卿，號湛然居士，為遼東丹王突欲八世孫，仕元至中書令。耶律楚材學琴于弭大用、苗秀實、萬松老人等，彈奏過不少琴曲，尤長于《水仙操》、《廣陵散》。他的詩文中有許多關于琴人、琴曲的論述。他每得新譜，都要找苗秀實“商確妙意，然后彈之”。苗秀實是金元時期的著名琴家，曾被薦為琴待詔，頗得金章宗完顏璟的欣賞。由于苗在京師的聲譽很高，“朝廷王公大人邀請棲巖者無虛日”，致使耶律楚材不能經常和他“對指傳聲”，因此“每以為恨”。耶律楚材仕元后，竭力向元世祖推薦苗秀實。苗秀實之子苗蘭，把父親的遺譜40多首拿出來，請耶律楚材作序。耶律楚材在序中說：“予按之，果為絕聲，大率署令衛仲儒之所傳也。”耶律楚材因扈從羽獵腳部負傷，借休養的機會，和苗蘭對彈操弄五十多曲，“于是棲巖妙旨盡得之”。他認為苗的演奏“如蜀聲之峻急，快人耳目！”

　　元代斫琴名家有朱致遠等，目前在博物館和民間尚有朱致遠所制琴存世。湖北省博物館所藏元代 “玉泉”琴，仲尼式，全長120.5、肩寬20.0厘米。桐木髹黑漆，呈蛇腹斷紋。琴面外側有純金徽13顆。“玉泉”琴曾為明代徐文溥所珍藏。