明朝后期，政治日益腐敗，思想控制愈來(lái)愈加強(qiáng)，特別是到嚴(yán)嵩當(dāng)政，宦官魏忠賢專權(quán)，特務(wù)遍地，牢房私設(shè)，不許自由講學(xué)。所以從嘉靖、萬(wàn)歷以后，連續(xù)四次禁毀書(shū)院，政治對(duì)書(shū)院的干預(yù)達(dá)到了頂峰。

　　第一次是嘉靖十六年（1537年），御史游居敬上疏斥責(zé)南京吏部尚書(shū)湛若水“倡其邪學(xué)，廣收無(wú)賴，私創(chuàng)書(shū)院”，請(qǐng)求皇帝“戒諭以正人心”。嘉靖一方面慰留湛若水，一方面則令所司毀其書(shū)院。于是年四月下令罷各處私創(chuàng)書(shū)院。這次禁毀的矛頭，只在湛若水創(chuàng)辦的書(shū)院，其他各地書(shū)院仍照常活動(dòng)。

　　第二次是嘉靖十七年（1538年），吏部尚書(shū)許讚，以官學(xué)不修，多建書(shū)院“聚生徒，供億科擾”，耗財(cái)擾民為借口，上奏嘉靖。嘉靖“即命內(nèi)外嚴(yán)加禁約，毀其書(shū)院”，“申毀天下書(shū)院”。當(dāng)時(shí)嚴(yán)嵩柄權(quán)，這次毀書(shū)院，實(shí)為宰相嚴(yán)嵩的意旨。但這次處理的大多是官辦的書(shū)院，其他書(shū)院后來(lái)照常建立，如混元、云興兩書(shū)院即建于嘉靖十七年之后。

　　這兩次禁毀書(shū)院是由于當(dāng)時(shí)在朝執(zhí)政的人，有許多是反對(duì)王陽(yáng)明、湛若水的學(xué)者，他們對(duì)于王、湛的廣建書(shū)院，聚徒講學(xué)，妄加罪名，實(shí)是為了在政治上和學(xué)術(shù)上進(jìn)行壓制。以“官學(xué)不修，別立書(shū)院”，“動(dòng)費(fèi)萬(wàn)金，供億科擾”為借口，禁毀所有書(shū)院。但書(shū)院在當(dāng)時(shí)的影響很大，聲望很高，禁是禁不住的。《野獲編》上說(shuō)：“雖世宗力禁，而終不能止。”不僅如此，官方越禁，民間越辦，所以明代書(shū)院，不僅以嘉靖年間為最多，而且相當(dāng)一部分是嘉靖十六年、十七年之后興辦的。

　　第三次禁毀書(shū)院是在萬(wàn)歷七年（1579年）張居正執(zhí)政時(shí)。張居正當(dāng)國(guó)時(shí)，極力控制思想，對(duì)書(shū)院講學(xué)特別厭惡。史載：“張居正最憎講學(xué)，言之切齒。”他說(shuō)：“圣賢以經(jīng)術(shù)垂訓(xùn)，國(guó)家以經(jīng)術(shù)作人，若能體認(rèn)經(jīng)書(shū)，便是講明學(xué)問(wèn)。何必又別標(biāo)門戶，聚黨空譚。今后各提學(xué)官，督率教官生儒，務(wù)將平日所習(xí)經(jīng)書(shū)義理，著實(shí)講求，躬行實(shí)踐，以需他日之用。不許別創(chuàng)書(shū)院，群聚徒黨，及號(hào)召他方游食無(wú)行之徒，空談廢業(yè)。”他寫(xiě)信給憲長(zhǎng)周友山，指責(zé)當(dāng)時(shí)書(shū)院講學(xué)為“作偽之亂學(xué)”，“講學(xué)者全是假好學(xué)”。張居正本是徐階的弟子，但張最不喜其師的聚眾講學(xué)。因有一批官吏假托立書(shū)院講學(xué)依附徐階，實(shí)際是借此以把持郡邑。萬(wàn)歷七年，常州知府施觀民搜刮民財(cái)，私創(chuàng)書(shū)院，張居正便借題發(fā)揮，一面將施坐罪革職，另一面即以皇帝名義詔毀天下書(shū)院，自應(yīng)天府以下凡64處盡改公廨。這是明代毀廢書(shū)院最嚴(yán)厲的一次。但許多書(shū)院仍以各種方式得以保存。如安福縣復(fù)古書(shū)院，易名“三賢祠”，貴溪縣象山書(shū)院易名“象山祠”得以保存等。張居正禁毀書(shū)院的真正原因是害怕書(shū)院講學(xué)“徒侶眾盛，異趨為事”，“搖撼朝廷，爽亂名實(shí)”。至于說(shuō)因?yàn)槭┯^民搜刮民財(cái)而禁毀書(shū)院，顯然是為掩蓋真相而尋找的一種借口。

　　張居正禁毀書(shū)院比嘉靖年間禁毀書(shū)院的規(guī)模更大，措施也更加嚴(yán)厲。然而，書(shū)院講學(xué)制度已深入人心，所以，雖禁猶存。當(dāng)時(shí)確曾被毀的書(shū)院有成都大益書(shū)院等十六所；有些書(shū)院是名毀實(shí)存，仍以各種方式保存下來(lái)。說(shuō)明當(dāng)時(shí)不少人實(shí)不愿毀書(shū)院，但迫于張居正的政治壓力，只好采取“陽(yáng)奉陰違”的策略，設(shè)法保存書(shū)院。如長(zhǎng)沙惜陰書(shū)院、瑞州筠陽(yáng)書(shū)院、江西貴溪象山書(shū)院等。還有的書(shū)院，則根本未毀，如饒陽(yáng)近圣書(shū)院等。張居正于萬(wàn)歷十年（1582年）死去，萬(wàn)歷十一年（1583年）就復(fù)建了仁文書(shū)院，其他書(shū)院也陸續(xù)興建。所以，萬(wàn)歷年間雖有張居正禁毀天下書(shū)院之舉，但萬(wàn)歷年間的書(shū)院數(shù)目反而不少，在整個(gè)明代僅次于嘉靖年間，居第二位，而且名毀實(shí)存的書(shū)院多在江西。江西自南宋經(jīng)元至明都是書(shū)院最盛的地區(qū)，雖在禁令，仍設(shè)法堅(jiān)持復(fù)辦，足見(jiàn)當(dāng)時(shí)書(shū)院講學(xué)影響之深，一道禁令是不可能禁毀盡的。

　　明代第四次禁毀書(shū)院，就是天啟五年（1625年）的魏忠賢禁毀東林書(shū)院，進(jìn)而殃及其他書(shū)院。張居正毀書(shū)院，是痛恨講學(xué)的浮夸習(xí)氣，同時(shí)還想統(tǒng)一教育機(jī)構(gòu)，不要又有學(xué)校，又有書(shū)院，是有一定的政治見(jiàn)解的，只是手段不當(dāng)則已。而魏閹黨人的禁毀書(shū)院，完全出于報(bào)復(fù)，無(wú)一是處。
東林書(shū)院位于無(wú)錫城東南，原為南宋學(xué)者楊時(shí)講學(xué)之所，元代時(shí)廢止。萬(wàn)歷三十二年（1604年），顧憲成、高攀龍重修書(shū)院，講學(xué)其中，諷議時(shí)政，裁量人物，深為朝中當(dāng)?shù)勒咚伞Ｌ靻⒛觊g（1621—1627年），宦官魏忠賢專權(quán)，政治極度腐敗，東林學(xué)派主張“除民賊”，直斥閹黨集團(tuán)，令他們惱羞成怒。當(dāng)時(shí)東林書(shū)院在社會(huì)上影響極大，以致天下書(shū)院，只知東林。魏忠賢等遂疑所有書(shū)院都與東林同黨，于是在天啟五年（1625年）便下令“刊黨籍，盡毀天下書(shū)院”而且手段狠毒，牽連羅織，屢興大獄，害死許多人，名臣左光斗、楊漣等都在被害之列，東林領(lǐng)袖高攀龍不愿辱身于賊手，亦從容自盡。

　　閹黨毀書(shū)院至不許存留片瓦寸椽，殘酷到了極點(diǎn)。東林書(shū)院幾乎全部被拆毀。八月，拆毀依庸堂。依庸堂由三間硬山頂構(gòu)成，是講學(xué)建筑中最有代表性的主要建筑，位于麗澤堂后，燕居廟之前，在講學(xué)建筑石牌坊至燕居廟的南北中軸線上，居于全書(shū)院建筑群中央。此堂是東林學(xué)派領(lǐng)地象征。當(dāng)時(shí)官紳宿儒人等，凡至東林，都要先瞻仰參謁依庸堂，以為“斯文在茲”，“腳跡得入依庸堂，人生一大幸”。依庸堂被拆之際，高攀龍正被削籍回?zé)o錫家居。他家住無(wú)錫老城區(qū)南門以內(nèi)之水闕巷，離東門東林書(shū)院較近。他原系朝中正二品的都察院左都御史，曾擔(dān)負(fù)著國(guó)家監(jiān)察舉劾重任。在魏忠賢下令拆毀東林書(shū)院時(shí)，他向無(wú)錫地方官員通融說(shuō)情，終使東林書(shū)院除依庸堂外其余大部分建筑得以保存。依庸堂拆去后，氣氛比較荒涼。但燕居廟、藏書(shū)樓、祭器室、麗澤堂、東西長(zhǎng)廊、學(xué)舍、月河（泮池）、石牌坊、道南祠建筑尚存。書(shū)院的整體環(huán)境面貌依然，尚現(xiàn)出特有的古樸景象。到了天啟六年（1626年）四月，魏忠賢再次下令全部拆除東林書(shū)院，無(wú)錫知縣吳大樸接到巡按徐吉及常州府牌后，與本縣管糧縣丞并帶領(lǐng)匠作員役及本地耆年之民談來(lái)泰等人，到東林書(shū)院現(xiàn)場(chǎng)，實(shí)地監(jiān)督執(zhí)行。差役當(dāng)場(chǎng)坐提易價(jià)，倉(cāng)卒變賣。天啟六年五月初，整個(gè)東林書(shū)院被強(qiáng)行全部拆毀。書(shū)院田土房屋等項(xiàng)作價(jià)變賣后所折合得到的全部銀兩一共折銀六百三十一兩二錢，只相當(dāng)于當(dāng)初修復(fù)東林書(shū)院時(shí)的一半。只有道南祠因系用官資建造，屬地方祭祀先賢建筑，才沒(méi)有被拆除。東林書(shū)院被夷為一片瓦礫，連院內(nèi)甬道、橋梁以及沿河古木均砍伐殆盡，其地成為殘破不堪的一處廢墟。人們?cè)诿枋霎?dāng)時(shí)東林被毀的荒涼情景說(shuō)：“碣斷碑橫”，“如逢兵燹倏成灰”。而拆毀東林書(shū)院的變價(jià)銀兩全部被“解蘇州府，協(xié)助祠工”，被用作建造魏忠賢生祠的經(jīng)費(fèi)了。